ZPK realizując zadania statutowe dba o podnoszenie kwalifikacji zawodowych swoich Członków, m.in. poprzez organizowanie i wspieranie kształcenia zatrudnionych przez nich pracowników. We współpracy z Gdańską Fundacją Kształcenia Menedżerów wypracowane zostały autorskie programy szkoleniowe, które są ściśle dostosowane do potrzeb menedżerów średnich i wyższych szczebli zarządzania w spółkach kolejowych. Zajęcia wzbogacane są praktycznymi przykładami i warsztatami, które tematycznie odnoszą się do specyfiki sektora kolejowego. Udział w programach szkoleniowych ZPK pozwala na zdobycie nie tylko nowej wiedzy w określonych obszarach, ale stwarza również możliwość wymiany doświadczeń oraz nawiązania i wzmocnienia relacji pomiędzy menedżerami reprezentującymi poszczególne spółki kolejowe.
Związek dba o najwyższy poziom realizowanych programów i na bieżąco dostosowuje je do potrzeb uczestników. Na wybór podmiotu prowadzącego programy szkoleniowe wpływ miały względy zarówno merytoryczne jak i kosztowe. Gdańska Fundacja Kształcenia Menedżerów, z którą ZPK zdecydował się współpracować w zakresie organizacji studiów, jest czołową firmą szkoleniowo-doradczą w Polsce, specjalizującą się w szkoleniach dla kadry kierowniczej oraz personelu średnich i dużych firm polskich i międzynarodowych. GFKM jest firmą wysoko ocenianą w rankingach, współpracującą z renomowanymi europejskimi szkołami biznesu i należącą do największych europejskich stowarzyszeń szkół biznesu. Zajęcia prowadzone są przez konsultantów o wysokich kwalifikacjach zawodowych z wieloletnim doświadczeniem praktycznym, przy wykorzystaniu nowoczesnych i efektywnych metod szkoleniowych.
Od roku 2022 Związek Pracodawców Kolejowych rozwija również współpracę z Politechniką Warszawską. Obecnie realizowane są podyplomowe studia „Cyberbezpieczeństwo w transporcie kolejowym”, realizowane z inicjatywy spółki Polskie Koleje Państwowe S.A. we współpracy z Wydziałem Transportu PW. Program studiów obejmuje przede wszystkim współpracę z ekspertami z dziedziny cyberbezpieczeństwa i jest nastawiony na zdobycie praktycznego doświadczenia i współpracę branżową. Program studiów zawiera elementy praktyczne, umożliwiające studentom zdobycie konkretnych umiejętności niezbędnych do identyfikowania i zwalczania zagrożeń cybernetycznych. Wydział Transportu Politechniki Warszawskiej dysponuje wykwalifikowaną kadrą naukową oraz nowoczesnym zapleczem laboratoryjnym. Współpraca Politechniki Warszawskiej z Grupą PKP i innymi podmiotami sektora kolejowego zapewnia pogłębione zrozumienie specyfiki i potrzeb branży w zakresie cyberbezpieczeństwa. Patronat nad studiami sprawują: Naukowa i Akademicka Sieć Komputerowa – Państwowy Instytut Badawczy (NASK), Prezes Urzędu Transportu Kolejowego oraz Rada Polityki IT Grupy PKP i PKP PLK. Natomiast w roku 2025 ZPK we współpracy z Wydziałem Zarządzania Politechniki Warszawskiej uruchomił podyplomowe studia „Zarządzanie procesami i projektami w sektorze kolejowym”. Program studiów umożliwia pogłębienie wiedzy i rozwinięcie praktycznych umiejętności w zakresie zarządzania projektami oraz optymalizacji procesów biznesowych. Studia zostały objęte patronatem Ministra Infrastruktury.