Związek Pracodawców Kolejowych został założony przez Zgromadzenie Założycielskie w dniu 27 września 2001 r., w którym uczestniczyli upoważnieni przedstawiciele 24 spółek, wśród których były:
- Polskie Koleje Państwowe S.A.,
- PKP Polskie Linie Kolejowe S.A.,
- PKP CARGO S.A.,
- PKP Energetyka Sp. z o.o.,
- PKP Przewozy Regionalne Sp. z o.o.,
- PKP Intercity Sp. z o.o.,
- PKP Informatyka Sp. z o.o.,
- PKP Telekomunikacja Kolejowa Sp. z o.o.,
- PKP Linia Hutnicza Szerokotorowa Sp. z o.o.,
- PKP Szybka Kolej Miejska w Trójmieście Sp. z o.o.,
- PKP Warszawska Kolej Dojazdowa Sp. z o.o.,
- Dolnośląskie Przeds. Napraw Infrastruktury Komunikacyjnej „DOLKOM” Sp. z o.o.,
- Pomorskie Przedsiębiorstwo Mechaniczno-Torowe w Gdańsku Sp. z o.o.,
- Przedsiębiorstwo Napraw i Utrzymania Infrastruktury Kolejowej w Krakowie Sp. z o.o.
- Przedsiębiorstwo Utrzymania Infrastruktury Kolejowej w Katowicach Sp. z o.o.,
- Zakład Robót Komunikacyjnych – DOM w Poznaniu Sp. z o.o.,
- Zakład napraw Infrastruktury Radom Sp. z o.o.,
- Zakład Napraw Infrastruktury w Stargardzie Szczecińskim Sp. z o.o.,
- Zakład Napraw Infrastruktury w Warszawie Sp. z o.o.,
- Zakład Robót Inżynieryjnych Sp. z o.o. w Warszawie,
- Farmacja Kolejowa Sp. z o.o.,
- Ferpol Sp. z o.o.,
- CS Szkolenie i Doradztwo Sp. z o.o.,
- Kolejowe Przedsiębiorstwo Turystyczno-Wypoczynkowe „Natura Tour” Sp. z o.o.
Zgromadzenie Założycielskie przyjęło Statut Związku Pracodawców Kolejowych oraz wybrało pierwszy Zarząd w składzie:
- Krzysztof Mamiński – Prezes Zarządu,
- Andrzej Krawczyk – Wiceprezes Zarządu,
- Krzysztof Gołygowski – Członek Zarządu
- Władysław Krasuski – Członek Zarządu,
- Andrzej Wciórka – Członek Zarządu,
a także powołało Komitet Założycielski, którego członkowie zostali upoważnieni do zarejestrowania Związku Pracodawców Kolejowych w Sądzie Rejonowym w Warszawie.
Sąd Rejonowy dla m. st. Warszawy w Warszawie, XIX Wydział Gospodarczy KRS wpisał Związek Pracodawców Kolejowych do Rejestru Stowarzyszeń, Innych Organizacji Społecznych i Zawodowych, Fundacji oraz Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej w dniu 5 grudnia 2001 r. pod numerem 0000069058.